مهمترین وظایف موسسه ثبت و گواهی بذر و نهال عبارتند از:

1. ساماندهی امر کنترل و گواهی بذر و نهال جهت نیل به تولید و عرضه بذر و نهال با کیفیت و سالم.
2. اعطای حقوق مالکیت معنوی به نژادگران ارقام جدید گیاهی.
3. حفاظت از منافع ملی از طریق شناسائی ذخائر توارثی گیاهی کشور و ثبت آنها به نام دولت جمهوری اسلامی ایران
4. معرفی ارقام جدید گیاهی در فهرست آثار ملی
5. تدوین و پیشنهاد استاندارهای ملی لازم و روزآمد در زمینه ی کیفیت و سلامت بذر و نهال.
6. نظارت دقیق و مستمر بر مزارع تولید بذر، باغ های مادری تولید پیوندک، کنترل و صدور گواهی اصالت ژنتیکی، سلامت و کیفیت بذر و نهال تولیدی، صادراتی و وارداتی و صدور گواهی کیفیت جهت ترخیص از گمرکات کشور.
7. صدور مجوز تولید بذر و نهال برای اشخاص حقیقی و حقوقی واجد شرایط
8. صدور مجوز کنترل و نظارت بذر و نهال برای اشخاص حقیقی و حقوقی واجد شرایط
9. حفاظت و صیانت از ذخائر توارثی و ارقام ثبت شده گیاهی در داخل و خارج کشور.
10. ارائه نظر کارشناسی به محاکم قضائی در زمینه ی دعاوی مربوط به بذر و نهال و ارقام گیاهی.

بالاترین رکن موسسه هیئت امنا بوده و حسب ماده 2 قانون ثبت ارقام گیاهی و کنترل و گواهی بذر و نهال هیئت امنای سازمان تحقیقات و آموزش هیئت امنای موسسه نیز میباشد. موسسه دارای چهار معاونت تحت عناوین ذیل میباشد:

1. معاونت تحقیقاتی شناسایی و ثبت ارقام گیاهی
2. معاونت تحقیقاتی کنترل و گواهی بذر
3. معاونت تحقیقاتی کنترل و گواهی نهال
4. معاونت تحقیقاتی فناوری بذر و نهال

همچنین مدیریتهای حمایت های حقوقی، برنامه ریزی و پشتیبانی و نیز ادارات خدمات فنی و محیط های تحقیقاتی و روابط عمومی و امور بینالملل زیر نظر ریاست موسسه قرار دارند.

در حال حاضر آزمایشگاههای ملی سلامت بذر و نهال و کیفیت بذر زیر نظر معاونت تحقیقاتی فناوری بذر و نهال و آزمایشگاه نشانگرهای مولکولی زیر نظر معاونت تحقیقاتی شناسایی و ثبت ارقام گیاهی در حال فعالیت می باشند.

علاوه بر این موسسه دارای واحدهای استانی مستقر در مراکز تحقیقات کشاورزی استان ها بوده و سرپرستی این واحد ها بر عهده کارشناس مسئول ثبت و گواهی بذر و نهال استان میباشد.

کنترل و گواهی بذر عبارت از حفظ کیفیت و خلوص بذور اصلاح شده ارقام برتر در جریان تکثیر آن است. هدف برنامه تکثیر و کنترل بذر، تامین بذر دارای کیفیت مطلوب از یک رقم اصلاح شده میباشد. این هدف در طی مراحل تکثیر طبقات بذری و بر اساس معیارهای مصوب از سوی موسسه تحقیقات ثبت و گودهی بذر و نهال توسط معاونت کنترل و گواهی بذر و نهال و از طریق اعمال موارد ذیل حاصل میشود.

- شناسائی و معرفی مناطق مناسب تولید بذر ارقام مختلف با توجه به خصوصیات ژنتیکی و فیزیولوژیکی به منظور جلوگیری از اختلاط ژنتیکی.

- ثبت مشخصات کامل تولیدکننده بذر و تهیه نقشه مزارع تولید بذر، منابع آب (از نظر کمی و کیفی)، تجهیزات، ماشینآلات، تأسیسات و نیروی انسانی مورد استفاده.

- بازدید از اراضی متقاضیان تولید و تطابق آن با الزامات و ضوابط تولید بذر محصول مورد نظر.

- بازرسی از مزارع تولید بذر در مراحل مختلف برای صدور گواهی

- صدور گواهی تأیید و یا عدم تأیید برای مزارع تولید بذر

- نظارت بر حسن انجام وظایف نمونه برداری از بذور تولید داخلی، بذور وارداتی و صادراتی و تعیین استانداردهای ملی بذر با همکاری واحدهای ذیربط

- بررسی و تعیین استاندارهای طبقات مختلف بذری با همکاری موسسات تحقیقاتی ذیربط و ارائه آن به هیئت امناء جهت تصویب و اعمال استاندارهای مصوب

- انجام بررسیهای زراعی جهت اطمینان از خلوص ژنتیکی لاین های والدینی، بذور پایه و ...

- انجام بررسیهای مزرعه ای بر روی بذور تولیدی کشور جهت حصول اطمینان از مطابقت آنها با استاندارهای ملی

- نظارت بر واردات و صادرات بذور مطابق استانداردهای ملی کشور

- صدور گواهی ترخیص برای بذور وارداتی، صادراتی و تولید داخل با توجه به نتایج اعلام شده بخش بازرسی و نمونه گیری و آزمایشگاههای تجزیه کیفی و سلامت بذر

- انجام تحقیقات لازم در زمینه های بهبود روشهای نظارتی، ارتقاء کیفیت بذور و روشهای حفظ کیفیت بذور مختلف.

انجام تحقیقات لازم به منظور ارتقای کیفیت بذر تولیدی کشور و روشهای حفظ کیفیت بذور مختلف از جمله مهمترین وظایف این معاونت میباشد. همچنین آزمایشگاههای ملی تجزیه بذر و کنترل سلامت بذر و نهال زیر نظر این معاونت مشغول انجام وظیفه هستند. سایر وظایف این معاونت عبارتند از:

- همکاری با تولید کنندگان و واردکنندگان دستگاههای مختلف فرآوری بذر در راستای ارزیابی دستگاههای مربوط از جنبه حفظ کیفیت بذر در خلال فرآیندهای فرآوری.

- انجام تحقیقات لازم در خصوص روشهای مختلف به پروری بذر با همکاری موسسات تحقیقاتی و سازمانهای ذیربط

- تحقیق و بررسی در خصوص روشهای نوین تشخیص بیماری بذر و نهال و به کارگیری آنها.

- نظارت و انجام تحقیقات مرتبط در راستای بهینه سازی روشهای آزمایشگاهی مورد استفاده.